Микробиологический пейзаж и параметры антибиотикорезистентности возбудителей у пациентов отделений реанимации и интенсивной терапии новорожденных

Неонатальные инфекции остаются одной из значимых причин младенческой смертности в мире. Изменение спектра возбудителей, а также их чувствительности к основным антибактериальным препаратам (АБП) является динамически протекающим процессом, характеризующимся постепенным ростом удельного веса наиболее опасных возбудителей, в частности, относящихся к группе ESKAPE-патогенов. Изучение структуры патогенов и параметров их антибиотикорезистентности является основным инструментом повышения эффективности антибиотикотерапии.

Цель. Проанализировать структуру возбудителей нозокомиальных инфекций пациентов отделений реанимации и интенсивной терапии (ОРИТ) новорождённых и оценка параметров их антибиотикорезистентности.

Материалы и методы. Проведено ретроспективное эпидемиологическое исследование данных за период с 1 мая 2022 по 1 мая 2024 гг. лабораторной информационной системы ЛИС-Алиса ГБУЗ «ММКЦ «Коммунарка» ДЗМ и медицинской документации пациентов с выявленным ростом микроорганизмов (МО) в бактериологических посевах.

Результаты. Общее число посевов составило 5179. Рост МО отмечен в 39,3% (n=2036) — были получены от 734 пациентов, из них 87,1% — недоношенные). Грамположительная микрофлора обнаружена в 59,6%. Топ-5 идентифицированных МО составили: S. epidermidis (n=386 — 19%), S. haemolyticus (n=264 — 13%), S. aureus (n=218 — 10,7%), K. pneumoniae (n=210 — 10,3%) и E.coli (n=188 — 9,2%). Доля МО, относящихся к группе ESKAPE, составила 28,6% (S. aureus — 10,7%; K. pneumoniae — 10,3%; Enterobacter spp. — 3,6%; P. aeruginosa — 2,3%; A. baumannii — 1,1%; E. faecium — 0,5%). Среди Staphylococcus spp. — 71,2% были резистенты к оксациллину, 53,9% — к гентамицину. При этом 100% чувствительности ни к одному из протестированных АБП выявлено не было. Максимально высокие показатели резистентности к оксациллину имели S. epidermidis (93,8%) и S. haemolyticus (86,7%). Также 17% штаммов S. aureus были резистентны к оксациллину. Среди K. pneumonia  48,8% были резистентны к цефтазидиму и 100% — к ампициллину; E. coli 28,2% штаммов были резистентны к цефтазидиму, 64,9% — к ампициллину, 28,2% — к сульфаметоксазолу / триметоприму.

Заключение. Установлена высокая частота выделения патогенов (с преобладанием грамположительной микрофлоры) у новорождённых, госпитализированных в ОРИТ (средний гестационный возраст <35 нед.). Результаты демонстрируют тревожные тенденции в отношении параметров резистентности МО и свидетельствуют о необходимости динамического мониторинга чувствительности возбудителей к основным АБП, применяющимся в ОРИТ.

1. Кулижников Г.В., Фурман Е.Г., Николенко А.В. Диагностическое значение лабораторных маркеров неонатального сепсиса у недоношенных детей // Педиатрия. Журнал им. Г.Н. Сперанского. – 2021. – Т. 100, № 1. – С. 95–100. DOI: 10.24110/0031-403X-2021-100-1-95-100

2. Дмитриев А.В., Заплатников А.Л. Неонатальный сепсис: современные диагностические возможности. Педиатрия им. Г.Н. Сперанского. – 2022. – Т. 101, № 1. – С. 140–148. DOI: 10.24110/0031-403X-2022-101-1-140-148

3. Flannery D.D., Puopolo K.M., Hansen N.I., Sánchez P.J., Stoll B.J.; Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development Neonatal Research Network. Neonatal infections: Insights from a multicenter longitudinal research collaborative // Semin Perinatol. – 2022. – Vol. 46, No. 7. – P. 151637. DOI: 10.1016/j.semperi.2022.151637

4. Moftian N., Samad Soltani T., Mirnia K., Esfandiari A., Tabib M.S., Rezaei Hachesu P. Clinical Risk Factors for Early-Onset Sepsis in Neonates: An International Delphi Study // Iran J Med Sci. – 2023. – Vol. 48, No. 1. – P. 57–69. DOI: 10.30476/IJMS.2022.92284.2352

5. Sewell E., Roberts J., Mukhopadhyay S. Association of Infection in Neonates and Long-Term Neurodevelopmental Outcome // Clin Perinatol. – 2021. – Vol. 48, No. 2. – P. 251–261. DOI: 10.1016/j.clp.2021.03.001

6. Thomas R., Bijlsma M.W., Gonçalves B.P., Nakwa F.L., Velaphi S., Heath P.T. Long-term impact of serious neonatal bacterial infections on neurodevelopment // Clin Microbiol Infect. – 2024. – Vol. 30, No. 1. – P. 28–37. DOI: 10.1016/j.cmi.2023.04.017

7. Bedetti L., Corso L., Miselli F., Guidotti I., Toffoli C., Miglio R., Roversi M.F., Muttini E.D.C., Pugliese M., Bertoncelli N., Zini T., Mazzotti S., Lugli L., Lucaccioni L., Berardi A. Neurodevelopmental Outcome after Culture-Proven or So-Called Culture-Negative Sepsis in Preterm Infants // J Clin Med. – 2024. – Vol. 13, No. 4. – P. 1140. DOI: 10.3390/jcm13041140

8. Odabasi I.O., Bulbul A. Neonatal Sepsis // Sisli Etfal Hastan Tip Bul. – 2020. – Vol. 54, No. 2. – P. 142–158. DOI: 10.14744/SEMB.2020.00236

9. Guo L., Han W., Su Y., Wang N., Chen X., Ma J., Liang J., Hao L., Ren C. Perinatal risk factors for neonatal early-onset sepsis: a meta-analysis of observational studies // J Matern Fetal Neonatal Med. – 2023. – Vol. 36, No. 2. – P. 2259049. DOI: 10.1080/14767058.2023.2259049

10. Seyoum K., Sahiledengle B., Kene C., Geta G., Gomora D., Ejigu N., Mesfin T., Kumar Chattu V. Determinants of neonatal sepsis among neonates admitted to neonatal intensive care units in ethiopian hospitals: A systematic review and meta-analysis // Heliyon. – 2023. – Vol. 9, No. 9. – P. e20336. DOI: 10.1016/j.heliyon.2023.e20336

11. Murthy S., Godinho M.A., Guddattu V., Lewis L.E.S., Nair N.S. Risk factors of neonatal sepsis in India: A systematic review and meta-analysis // PLoS One. – 2019. – Vol. 14, No. 4. – P. e0215683. DOI: 10.1371/journal.pone.0215683

12. Belachew A., Tewabe T. Neonatal sepsis and its association with birth weight and gestational age among admitted neonates in Ethiopia: systematic review and meta-analysis // BMC Pediatr. – 2020. – Vol. 20, No. 1. – P. 55. DOI: 10.1186/s12887-020-1949-x

13. Lloyd L.G., Bekker A., Van Weissenbruch M.M., Dramowski A. Healthcare-associated Infections in Very Low Birth-weight Infants in a South African Neonatal Unit: Disease Burden, Associated Factors and Short-term Outcomes // Pediatr Infect Dis J. – 2022. – Vol. 41, No. 11. – P. 911–916. DOI: 10.1097/INF.0000000000003666

14. Оленев А.С., Коноплянников А.Г., Сонголова Е.Н., Стецюк О.В. Колонизация беременных стрептококком группы В: современное представление проблемы // Акушерство, Гинекология и Репродукция. – 2022. – Т. 16, № 2. – С. 182–193. DOI: 10.17749/2313-7347/ob.gyn.rep.2022.284

15. Ferorelli D., Goffredo V.M., Graziano E., Mastrapasqua M., Telegrafo M., Vinci A., Visci P., Benevento M., Zotti F., Foglianese A., Panza R., Solarino B., Dell’Erba A., Laforgia N. Quality improvement in neonatal care through enhanced patient safety and clinical risk management: a before-and-after study about neonatal sepsis // Front Med. – 2024. – Vol. 11. – P. 1430853. DOI: 10.3389/fmed.2024.1430853

16. Карпова А.Л., Мостовой А.В., Мартиросян С.В., Орлова О.Е., Карпов Л.Н., Заплатников А.Л. Ранний неонатальный сепсис, вызванный Haemophilus influenza // Акушерство, Гинекология и Репродукция. – 2023. – Т. 17, № 3. – С. 366–375. DOI: 10.17749/2313-7347/ob.gyn.rep.2023.415

17. Glaser M.A., Hughes L.M., Jnah A., Newberry D. Neonatal Sepsis: A Review of Pathophysiology and Current Management Strategies // Adv Neonatal Care. – 2021. – Vol. 21, No. 1. – P. 49–60. DOI: 10.1097/ANC.0000000000000769

18. Pan T., Zhu Q., Li P., Hua J., Feng X. Late-onset neonatal sepsis in Suzhou, China // BMC Pediatr. – 2020. – Vol. 20, No. 1. – P. 261. DOI: 10.1186/s12887-020-02103-y

19. Tzialla C., Berardi A., Mondì V., On Behalf Of The Study Group Of Neonatal Infectious Diseases. Outbreaks in the Neonatal Intensive Care Unit: Description and Management // Trop Med Infect Dis. – 2024. – Vol. 9, No. 9. – P. 212. DOI: 10.3390/tropicalmed9090212

20. Parmigiani S., Bevilacqua G. Can we reduce worldwide neonatal mortality? // Acta Biomed. – 2022. – Vol. 93, No. 5. – P. e2022294. DOI: 10.23750/abm.v93i5.13225

21. Mahtab S., Madhi S.A., Baillie V.L., Els T., Thwala B.N., Onyango D., Tippet-Barr B.A., Akelo V., Igunza K.A., Omore R., Arifeen S.E., Gurley E.S., Alam M., Chowdhury A.I., Rahman A., Bassat Q., Mandomando I., Ajanovic S., Sitoe A., Varo R., Sow S.O., Kotloff KL., Badji H., Tapia M.D., Traore C.B., Ogbuanu I.U., Bunn J., Luke R., Sannoh S., Swarray-Deen A., Assefa N., Scott J.A.G., Madrid L., Marami D., Fentaw S., Diaz M.H., Martines R.B., Breiman R.F., Madewell Z.J., Blau D.M., Whitney C.G.; CHAMPS Consortium. Causes of death identified in neonates enrolled through Child Health and Mortality Prevention Surveillance (CHAMPS), December 2016 -December 2021 // PLOS Glob Public Health. – 2023. – Vol. 3, No. 3. – P. e0001612. DOI: 10.1371/journal.pgph.0001612

22. Jansen S.J., Lopriore E., van der Beek M.T., Veldkamp K.E., Steggerda S.J., Bekker V. The road to zero nosocomial infections in neonates-a narrative review // Acta Paediatr. – 2021. – Vol. 110, No. 8. – P. 2326–2335. DOI: 10.1111/apa.15886

23. Cernada M., De Alba Romero C., Fernández-Colomer B., González-Pacheco N., González M., Couce M.L.; en representación del Comité de Estándares y la Comisión de Infección Neonatal de la Sociedad Española de Neonatología. Health care-associated infections in neonatology // An Pediatr. – 2024. – Vol. 100, No. 1. – P. 46–56. DOI: 10.1016/j.anpede.2023.12.004

24. Huang J., Cayabyab R., Cielo M., Ramanathan R. Incidence, Risk Factors, Short-term Outcomes, and Microbiome of Ventilator-associated Pneumonia in Very-low-birth-weight Infants: Experience at a Single Level III Neonatal Intensive Care Unit // Pediatr Infect Dis J. – 2024. DOI: 10.1097/INF.0000000000004440

25. Prochaska E.C., Xiao S., Colantuoni E., Clark R.H., Johnson J., Mukhopadhyay S., Kalu IC., Zerr D.M., Reich P.J., Roberts J., Flannery D.D., Milstone A.M.; CDC Prevention Epicenters Program. Hospital-Onset Bacteremia Among Neonatal Intensive Care Unit Patients // JAMA Pediatr. – 2024. – Vol. 178, No. 8. – P. 792–799. DOI: 10.1001/jamapediatrics.2024.1840

26. Oldendorff F., Nordberg V., Giske CG., Navér L. A decade of neonatal sepsis in Stockholm, Sweden: Gram-positive pathogens were four times as common as Gram-negatives // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. – 2024. – Vol. 43, No. 5. – P. 959–968. DOI: 10.1007/s10096-024-04809-8

27. Sorsa A. Epidemiology of Neonatal Sepsis and Associated Factors Implicated: Observational Study at Neonatal Intensive Care Unit of Arsi University Teaching and Referral Hospital, South East Ethiopia // Ethiop J Health Sci. – 2019. – Vol. 29, No. 3. – P. 333–342. DOI: 10.4314/ejhs.v29i3.5

28. Guo J., Luo Y., Wu Y., Lai W., Mu X. Clinical Characteristic and Pathogen Spectrum of Neonatal Sepsis in Guangzhou City from June 2011 to June 2017 // Med Sci Monit. – 2019. – Vol. 25. – P. 2296–2304. DOI: 10.12659/MSM.912375

29. Wang J., Zhang H., Yan J., Zhang T. Literature review on the distribution characteristics and antimicrobial resistance of bacterial pathogens in neonatal sepsis // J Matern Fetal Neonatal Med. – 2022. – Vol. 35, No. 5. – P. 861–870. DOI: 10.1080/14767058.2020.1732342

30. Song W.S., Park H.W., Oh M.Y., Jo J.Y., Kim C.Y., Lee J.J., Jung E., Lee B.S., Kim K.S., Kim E.A. Neonatal sepsis-causing bacterial pathogens and outcome of trends of their antimicrobial susceptibility a 20-year period at a neonatal intensive care unit // Clin Exp Pediatr. – 2022. – Vol. 65, No. 7. – P. 350–357. DOI: 10.3345/cep.2021.00668

31. Marchant E.A., Boyce G.K., Sadarangani M., Lavoie P.M. Neonatal Sepsis Due to Coagulase-Negative Staphylococci // Clin Dev Immunol. – 2013. – Vol. 2013. – P. 586076. DOI: 10.1155/2013/586076

32. Le K.Y., Villaruz A.E., Zheng Y., He L., Fisher E.L., Nguyen T.H., Ho T.V., Yeh A.J., Joo H.S., Cheung G.Y.C., Otto M. Role of Phenol-Soluble Modulins in Staphylococcus epidermidis Biofilm Formation and Infection of Indwelling Medical Devices // J Mol Biol. – 2019. – Vol. 431. – P. 3015–3027. DOI: 10.1016/j.jmb.2019.03.030

33. Ferreira I.C.D.S., Menezes R.P., Jesus T.A., Lopes M.S.M., Araújo L.B., Ferreira D.M.L.M., Röder D.V.D.B. Oxacillin-resistant Staphylococcus spp.: Impacts on fatality in a NICU in Brazil – confronting the perfect storm // Biomed Pharmacother. – 2024. – Vol. 179. – P. 117373. DOI: 10.1016/j.biopha.2024.117373

34. Magnan C., Morsli M., Salipante F., Thiry B., Attar J.E., Maio M.D., Safaria M., Tran T.A., Dunyach-Remy C., Ory J., Richaud-Morel B., Sotto A., Pantel A., Lavigne J.P. Emergence of multidrug-resistant Staphylococcus haemolyticus in neonatal intensive care unit in Southern France, a genomic study // Emerg Microbes Infect. – 2024. – Vol. 13, No. 1. – P. 2353291. DOI: 10.1080/22221751.2024.2353291

35. Westberg R., Stegger M., Söderquist B. Molecular Epidemiology of Neonatal-Associated Staphylococcus haemolyticus Reveals Endemic Outbreak // Microbiol Spectr. – 2022. – Vol. 10, No. 6. – P. e0245222. DOI: 10.1128/spectrum.02452-22

36. Shadbolt R., We M.L.S., Kohan R., Porter M., Athalye-Jape G., Nathan E., Shrestha D., Strunk T. Neonatal Staphylococcus aureus sepsis: a 20-year Western Australian experience // J Perinatol. – 2022. – Vol. 42, No. 11. – P. 1440–1445. DOI: 10.1038/s41372-022-01440-3

37. Wang L., Zhen J.H., Dong F., Lyu Z.Y. Cross-sectional Hospital-based Investigation on Clinical Characteristics of Pediatric Staphylococcus aureus Isolates in a Beijing Hospital from 2013 to 2022 // Infect Drug Resist. – 2024. – Vol. 17. – P. 4899–4912. DOI: 10.2147/IDR.S486832

38. Nordberg V., Iversen A., Tidell A., Ininbergs K., Giske C.G., Navér L. A decade of neonatal sepsis caused by gram-negative bacilli-a retrospective matched cohort study // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. – 2021. – Vol. 40, No. 9. – P. 1803–1813. DOI: 10.1007/s10096-021-04211-8

39. You T., Zhang H., Guo L., Ling K.R., Hu X.Y., Li L.Q. Differences in clinical characteristics of early- and late-onset neonatal sepsis caused by Klebsiella pneumonia // Int J Immunopathol Pharmacol. – 2020. – Vol. 34. – P. 2058738420950586. DOI: 10.1177/2058738420950586

40. Flannery D.D., Akinboyo I.C., Mukhopadhyay S., Tribble A.C., Song L., Chen F., Li Y., Gerber J.S., Puopolo K.M. Antibiotic Susceptibility of Escherichia coli Among Infants Admitted to Neonatal Intensive Care Units Across the US From 2009 to 2017 // JAMA Pediatr. – 2021. – Vol. 175, No. 2. – P. 168–175. DOI: 10.1001/jamapediatrics.2020.4719

41. Guo Y., Xiao R., Feng J., Wang X., Lai J., Kang W., Li Y., Zhu X., Ji T., Huang X., Pang D., An Y., Meng L., Wang Y. Distribution of virulence genes and antimicrobial resistance of Escherichia coli isolated from hospitalized neonates: A multi-center study across China // Heliyon. – 2024. – Vol. 10, No. 16. – P. e35991. DOI: 10.1016/j.heliyon.2024.e35991

42. Pillay K., Ray-Chaudhuri A., O’Brien S., Heath P., Sharland M. Acinetobacter spp. in neonatal sepsis: an urgent global threat // Front Antibiot. – 2024. – Vol. 3. – P. 1448071. DOI: 10.3389/frabi.2024.1448071

43. Elvan Tüz A., Tekin D., Ekemen Keleş Y., Şahin A., Üstündağ G., Taşar S., Kara Aksay A., Karadağ Öncel E., Yılmaz D. Clinical Reflections of Acinetobacter Infections in Children in a Quaternary-Care Hospital: A Five-Year Single-Center Experience // Turk Arch Pediatr. – 2024. – Vol. 59, No. 1. – P. 38–42. DOI: 10.5152/TurkArchPediatr.2024.23153

44. Mohamed R.A.E., Moustafa N.M., Mahmoud F.M., Elsaadawy Y.S., Aziz H.S.A., Gaber S.A.B., Hussin A.M., Seadawy M.G. Whole-genome sequencing of two multidrug-resistant Acinetobacter baumannii strains isolated from a neonatal intensive care unit in Egypt: a prospective cross-sectional study // BMC Microbiol. – 2024. – Vol. 24, No. 1. – P. 362. DOI: 10.1186/s12866-024-03482-3